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昆曲的曲牌累以千计，通分为南曲、北曲两大类。一般认为，昆曲中的南曲是在南方的俚俗歌谣和宋人词调基础上发展而成的；北曲则承续了元杂剧和北方民间说唱艺术的遗产。此外，昆曲还兼唱少许被称作“时剧”的剧目，“时剧”为清中叶舞台上常演的民间戏曲，其唱腔较为混杂，有明清俗曲、时尚小令和通俗化了的南北曲，以及征引其他的声腔曲调如弋阳腔、吹腔等等。来源不一的南北曲牌在昆曲中均分别派属于各个宫调，如南仙吕宫所辖的曲牌有[皂罗袍][桂香枝][解三酲][醉扶归]
[八声甘州]……
魅力昆曲北仙吕宫所辖的曲牌有[点绛唇][油葫芦][混江龙][鹊踏枝]等等。各宫调所辖曲牌又因其在套数中的位置、作用、性质的不同而分门别类。南曲的所有曲牌分为引子、过曲、尾声三大类。引子：引子为人物登场首曲，有引导、引出之意，它是一套曲子的开头部分，一人出场则独唱，多人出场可分唱。南曲中专用做引子的曲牌很多，各宫调都有。做引子的曲牌大多来源于词，其牌名与词牌相同，如仙吕宫的[卜算子][鹧鸪天]，越调的[霜天晓角][浪淘沙]等。不过，在实际运用中，引子曲牌往往只选用半阕即词牌的一部分，而少用全阕。
昆曲剧照另外，过曲的少许曲牌也可以当作引子用，如仙吕宫的[江风]、南吕宫[六幺令]等。还有，如净、丑角色上场，均不用引子曲牌，而用过曲中的短曲替代，如仙吕人双调的[普贤歌][字字双]大石调的[倒拖船]等。过曲：过曲之名，说法不一，如《九宫谱定》认为：“过曲者，引子之下第一曲也。”吴梅在《曲学通论》中则言：“所以云过者，谓从引子过脉到正曲也。”因为过曲是套数的中心部分，也有学者认为其含有表达戏剧发展经过的意思。南曲中过曲的曲牌数量最多，在乾隆十一年（）成书的《九宫大成南北词宫谱》就收录了一千多种，这些过曲曲牌又分为正曲和集曲。
《九宫谱定》1.正曲。正曲是本原曲牌，如正宫的{普天乐][醉太平][玉芙蓉]，南吕宫的[懒画眉）[浣溪沙][红衲袄]等等，之所以称为正曲，是因为过曲的编选是以这些曲牌为本、为正。2.集曲。集曲是相对于正曲而言的，它非本原曲牌，而是南曲的一种创作新曲的方法，即是将同一宫调的若干支曲牌各取数句或者集不同宫但笛周相同的曲牌数句组合成一个新的曲牌。如南中吕宫集曲[榴花泣]由南中吕宫曲牌[石榴花]和[泣颜回]组成，南仙吕宫集曲[桂坡羊]由南仙吕宫曲牌[桂香枝]的前八句与商调曲牌[山坡羊]的末四句组合而成。
《断桥》但集曲的创制在具体的结构上须按一定的次序，其开头的数句必须是所选正曲的首数句，中间部分须是正曲的中间数句，尾数句也应是正曲的末数句，总之，集曲的结构必须与所取正曲的结构相吻合，前后不可倒置和紊乱。南曲的过曲曲牌还可以细分为大曲、小曲。王骥德《曲律论过曲第三十二》称：“过曲体有两途：大曲宜施文藻，然忌太深；小曲宜用本色。”大曲即细曲、慢曲，一般为生、旦演唱，长于抒情，如[懒画眉][朝元令][步步娇]等，过曲中的大多数“集曲”均属细曲。小曲指粗曲，专供净、丑选用，如仙吕宫的[光光乍]、正宫的[四边静]等，这类曲牌字多腔少，质朴率真。
《曲律》尾声：南曲的尾卢又称作“余文““余音”“情不段““十二时”。在南曲中，各宫调的尾声格式基本一致，由三句十二板组成。北曲没有引子和过曲之分，除尾声曲牌外，其他曲牌统称作“只曲”。虽然没有引子的名称，但北曲的各个官调都有固定的只曲置于套首，因而这些只曲具有引子的性质。如正宫[端正好]、南昌[一枝花]、双调[新水令]黄钟[醉花阴]等。北曲无“集曲”之说，但有“借宫“一法。吴梅在《顾曲麈谈》中言：“所谓借宫者，就本调联络数牌后，不用古人旧套，别就他宫翦取数曲（但必须管色相同者）接续成套是也。”
《长生殿》简单地说，“借宫”就是将别一宫调之曲，移人本宫调来使用。如《长生殿.弹词》中所用的正宫[九转货郎儿]非常典型。[九转货郎儿]为九支曲牌组成，第-段为本调[货郎儿]，从二转到九转，每一转都将[货郎儿]一曲分成前后两个部分，中间再插人其他曲牌。如二转插人[卖花声]，三转插人[斗鹌鹑]，四转插入[山坡羊]，五转插人l迎仙客][红绣鞋]，六转插入[四边静][普天乐..九转插人[脱布衫][醉太平]北曲曲牌中还有一种被称为“带过曲”的形式，即把两三支宫调相同的曲牌连缀起来。
《长生殿》如双调中的[雁儿落带得胜令]中吕宫的[十二月带尧民歌]南吕宫的[骂玉郎带感皇恩]、正宫的[脱布衫带小梁州]等等，带过曲的组合通常不超过三曲，而且须同宫同韵。北曲的尾声则各不相同，长短不一，变化多样。《九宫大成南北词宫谱凡例》中言：“北调煞尾最为紧要，所以收拾一套之音节，结束一篇之文情。宫调既分，体裁各别，在仙吕调口赚煞，在中吕调日卖花声煞，在大石调曰催拍煞，在越角曰收尾……”